宅基地使用权是我国一项特殊的用益物权，其权利行使与集体经济组织成员的资格不可分离，具有福利性质。因宅基地流转发生的纠纷，法律适用的主要问题是正确适用“物权、合同区分原则+物权法定原则”​，核心在于如何识别并适用强制性规定对合同效力进行判断，重点在于考量、分析和协调不同类型的利益关系，在考量该强制性规定所保护的法益类型、违法行为的法律后果以及交易安全保护等因素的基础上，判断该强制性规定是否属于效力性强制性规定。强制性规定是认定合同无效的依据，而违反强制性规定的合同效力认定问题，意味着强制性规定所欲保护的法益应当优先于合同自由。
1.关于对《中华人民共和国民法典》第二百零九条、第六百五十九条的理解。第二百零九条第一款规定，​“不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但法律另有规定的除外”​，这是一般的不动产物权变动规定，我国对物权采取的是“以登记生效主义为原则，以登记对抗主义为例外”的登记模式。宅基地使用权问题比较特殊，权利取得批准在先、登记在后，具有较强的政策性，故《中华人民共和国民法典》在物权分编下宅基地使用权专章中对宅基地使用权转移的规定在第三百六十五条规定“已经登记的宅基地使用权转让或者消灭的，应当及时办理变更登记或者注销登记”​，在合同分编下赠与合同章第六百五十九条规定“赠与的财产依法需要办理登记或者其他手续的，应当办理有关手续”​，此两处并未明确宅基地使用权采取登记生效主义，属于管理型规定。立法采此种模式可能基于以下考虑：(1)我国农村宅基地流转范围一般限于同一集体经济组织成员内部，关于宅基地权属当事人一般比较清楚，也就不会发生善意第三人保护问题；(2)基于宅基地处分的限制性以及为接下来的宅基地制度改革预留空间，现阶段立法者对宅基地的登记效力问题未进一步明确规定，因此，未变更登记不等同于否认物权效力。
2.关于农村宅基地上房屋的所有权问题。​《中华人民共和国民法典》第二百三十一条规定，​“因合法建造、拆除房屋等事实行为设立或者消灭物权的，自事实行为成就时发生效力”​，因事实行为发生的物权变动是一般不动产物权登记效力规定的例外。宅基地上的农村房屋经过审批后建造，自建成之日取得该住房的所有权。3.关于宅基地使用权物权效力与合同效力区分问题。​《中华人民共和国民法典》第二百一十五条规定，​“当事人之间订立有关设立、变更、转让和消灭不动产物权的合同，除法律另有规定或者当事人另有约定外，自合同成立时生效；未办理物权登记的，不影响合同效力”​。
总的来说，农村房屋等建（构）筑物所有权应当与其所附着的土地一并登记，只有合规登记才能在宅基地改革完成时及时激活农村宅基地的巨大经济价值。